国家小型微型企业创业创新示范基地
2018年11月20日，国家工业和信息化部公布了第四批国家小型微型企业创业创新示范基地名单，北大医疗产业园名列其中。此批获得该殊荣的孵化机构北京地区仅有4家。
北京市战略性新兴产业科技成果转化基地
2014年7月，北大医疗产业园科技有限公司获得北京市科委“北京市战略性新兴产业科技成果转化基地“荣誉称号，且产业园“生物医药公共服务平台能力建设”项目通过市科委成果转化基地公共技术服务立项。
北京市首批市级创业孵化示范基地
2014年7月，北大医疗产业园获得人社局授予的“北京市首批市级创业孵化示范基地”的称号。